Koffie blijft een geliefde drank om te onderzoeken. Dat komt natuurlijk in de eerste plaats omdat zoveel mensen elke dag hun kopje koffie niet kunnen missen. In de natuurgeneeskunde wordt koffie altijd afgeraden. Het zou verzuren. Maar officiële wetenschappelijke onderzoeken die in de loop van de jaren zijn gedaan, konden eigenlijk nooit de schadelijkheid ervan aantonen. In de jaren tachtig is veel koffie drinken wel geassocieerd met kanker aan de pancreas. Nooit is dit verband door ander onderzoek bevestigd. Wel is al langer bekend dat koffie bij vrouwen een negatief effect heeft op de botten. Koffiedrinken vanaf de puberteit vergroot aanzienlijk de kans op botontkalking op latere leeftijd. Koffie zou het cholesterol verhogen. Echter, dat is alleen het geval met gekookte koffie, dat in Nederland nauwelijks wordt gedronken. Toch verscheen onlangs een Noorse studie waaruit wel een verband bleek met hart- en vaatziekten. Namelijk een belangrijke risicofactor, het homocysteïne in het bloed, werd erdoor verhoogd (thee had dit effect trouwens weer niet).

Voor de koffieleuten bleek uit onderzoek in 2000 goed nieuws: er is een kleinere kans op Parkinson wanneer dagelijks drie koppen koffie of andere cafeïnerijke dranken gedronken worden. Dat geldt vooral voor mannen (60% kleinere kans op deze ziekte).